گولڈن ایزی پی سی آر سسٹم (ڈائی کے ساتھ)

A-1 سانچہ۔

■ ٹیمپلیٹ میں پروٹین کی نجاست یا طاق روکنے والے وغیرہ شامل ہیں DNA ڈی این اے ٹیمپلیٹ کو صاف کریں ، پروٹین کی نجاست کو ہٹا دیں یا پییفوریشن کٹس کے ساتھ ٹیمپلیٹ ڈی این اے نکالیں۔

template ٹیمپلیٹ کی ڈینیٹریشن مکمل نہیں ہے den مناسب طریقے سے ڈینیٹریشن کے درجہ حرارت میں اضافہ کریں اور ڈینیٹریشن کا وقت طویل کریں۔

■ سانچہ تنزلی —— سانچے کو دوبارہ تیار کریں۔

A-2 پرائمر۔

pri پرائمر کا ناقص معیار e پرائمر کو دوبارہ ترکیب کریں۔

پرائمر ہراس متعدد منجمد اور پگھلنے سے بچیں یا طویل مدتی 4 ° C کرائیو محفوظ ہیں۔

pri پرائمر کا نامناسب ڈیزائن (مثال کے طور پر پرائمر کی لمبائی کافی نہیں ، ڈائمر پرائمر وغیرہ کے درمیان بنتا ہے) -دوبارہ ڈیزائن پرائمر (پرائمر ڈائمر اور سیکنڈری ڈھانچے کی تشکیل سے بچیں)

A-3 Mg^2+۔توجہ مرکوز کرنا

■ ملی گرام^2+۔ حراستی بہت کم ہے - خاص طور پر Mg میں اضافہ۔^2+۔ حراستی: ایم جی کو بہتر بنائیں۔^2+۔ زیادہ سے زیادہ Mg کا تعین کرنے کے لیے 0.5 ملی میٹر کے وقفہ کے ساتھ 1 ملی میٹر سے 3 ملی میٹر تک رد عمل کی ایک سیریز کے ذریعے حراستی^2+۔ ہر سانچے اور پرائمر کے لیے حراستی۔

A-4 اینیلنگ درجہ حرارت۔

an اعلی اینیلنگ درجہ حرارت پرائمر اور ٹیمپلیٹ کے بائنڈنگ کو متاثر کرتا ہے۔ اینیلنگ درجہ حرارت کو کم کریں اور 2 ° C کے میلان کے ساتھ حالت کو بہتر بنائیں۔

A-5 توسیع کا وقت۔

extension مختصر توسیع کا وقت extension توسیع کے وقت میں اضافہ کریں۔

فینومینا: منفی نمونے ٹارگٹ سیونس بینڈ بھی دکھاتے ہیں۔

پی سی آر کی A-1 آلودگی۔

target ٹارگٹ تسلسل یا بڑھاوے کی مصنوعات کی کراس آلودگی fully احتیاط سے منفی نمونے میں ہدف کی ترتیب پر مشتمل نمونے کو پائپ نہ کریں یا انہیں سینٹرفیج ٹیوب سے باہر نہ پھینکیں۔ موجودہ نیوکلک ایسڈ کو ختم کرنے کے لیے ریجنٹس یا آلات کو آٹوکلیو کیا جانا چاہیے ، اور آلودگی کے وجود کا تعین منفی کنٹرول تجربات کے ذریعے کیا جانا چاہیے۔

ag ریجینٹ آلودگی li ریجنٹس کو ایکوئٹ کریں اور کم درجہ حرارت پر اسٹور کریں۔

A-2 اعظم۔r

■ ملی گرام^2+۔ حراستی بہت کم ہے - خاص طور پر Mg میں اضافہ۔^2+۔ حراستی: ایم جی کو بہتر بنائیں۔^2+۔ زیادہ سے زیادہ Mg کا تعین کرنے کے لیے 0.5 ملی میٹر کے وقفہ کے ساتھ 1 ملی میٹر سے 3 ملی میٹر تک رد عمل کی ایک سیریز کے ذریعے حراستی^2+۔ ہر سانچے اور پرائمر کے لیے حراستی۔

■ نامناسب پرائمر ڈیزائن ، اور ہدف کی ترتیب میں غیر ہدف ترتیب کے ساتھ ہم آہنگی ہے۔ پرائمر دوبارہ ڈیزائن کریں۔

فینومینا: پی سی آر پرورش بینڈ متوقع سائز سے متضاد ہیں ، بڑے یا چھوٹے ، یا بعض اوقات دونوں مخصوص امپلیفیکیشن بینڈ اور غیر مخصوص پرورش بینڈ ہوتے ہیں۔

A-1 پرائمر۔

pri غریب پرائمر کی خصوصیت

e دوبارہ ڈیزائن پرائمر۔

mer پرائمر حراستی بہت زیادہ ہے ro مناسب طریقے سے ڈینیٹریشن کے درجہ حرارت میں اضافہ کریں اور ڈینیٹریشن کا وقت طویل کریں۔

A-2 Mg^2+۔ توجہ مرکوز کرنا

Mg ایم جی^2+۔ حراستی بہت زیادہ ہے - Mg2+ حراستی کو خاص طور پر کم کریں: Mg کو بہتر بنائیں۔^2+۔ زیادہ سے زیادہ Mg کا تعین کرنے کے لیے 0.5 ملی میٹر کے وقفہ کے ساتھ 1 ملی میٹر سے 3 ملی میٹر تک رد عمل کی ایک سیریز کے ذریعے حراستی^2+۔ ہر سانچے اور پرائمر کے لیے حراستی۔

A-3 تھرماسٹیبل پولیمریز۔

en ضرورت سے زیادہ انزائم کی مقدار 0.5 0.5 U کے وقفوں سے مناسب طریقے سے انزائم کی مقدار کم کریں۔

A-4 اینیلنگ درجہ حرارت۔

ne اینیلنگ درجہ حرارت بہت کم ہے rop مناسب طریقے سے اینیلنگ درجہ حرارت میں اضافہ کریں یا دو مرحلے اینیلنگ کا طریقہ اختیار کریں

A-5 PCR سائیکل

PC بہت زیادہ پی سی آر سائیکل PC پی سی آر سائیکلوں کی تعداد کم کریں۔

A-1 پرائمر۔specific غریب خصوصیت the پرائمر کو دوبارہ ڈیزائن کریں ، پرائمر کی پوزیشن اور لمبائی کو تبدیل کریں تاکہ اس کی خاصیت میں اضافہ ہو۔ یا نیسٹڈ پی سی آر انجام دیں۔

A-2 سانچہ DNA۔

template ٹیمپلیٹ خالص نہیں ہے the ٹیمپلیٹ کو صاف کریں یا ڈی این اے کو پیوریفیکیشن کٹس سے نکالیں۔

A-3 Mg^2+۔ توجہ مرکوز کرنا

ایم جی^2+۔ حراستی بہت زیادہ ہے - Mg کو خاص طور پر کم کریں۔^2+۔ حراستی: ایم جی کو بہتر بنائیں۔^2+۔ زیادہ سے زیادہ Mg کا تعین کرنے کے لیے 0.5 ملی میٹر کے وقفہ کے ساتھ 1 ملی میٹر سے 3 ملی میٹر تک رد عمل کی ایک سیریز کے ذریعے حراستی^2+۔ ہر سانچے اور پرائمر کے لیے حراستی۔

A-4 dNTP۔

- ڈی این ٹی پی کی حراستی بہت زیادہ ہے - ڈی این ٹی پی کی حراستی کو مناسب طریقے سے کم کریں۔

A-5 اینیلنگ درجہ حرارت۔

low بہت کم اینیلنگ درجہ حرارت rop مناسب طریقے سے اینیلنگ درجہ حرارت میں اضافہ کریں۔

A-6 سائیکل

many بہت زیادہ سائیکل cycle سائیکل نمبر کو بہتر بنائیں۔

پہلا قدم مناسب پولیمریز کا انتخاب کرنا ہے۔ 3'-5 'exonuclease سرگرمی کی کمی کی وجہ سے باقاعدہ Taq پولیمریز پروف ریڈنگ نہیں کر سکتا ، اور مماثلت ٹکڑوں کی توسیع کی کارکردگی کو بہت کم کر دے گی۔ لہذا ، باقاعدہ تق پولیمریز 5 kb سے بڑے ہدف کے ٹکڑوں کو مؤثر طریقے سے بڑھا نہیں سکتا۔ توق پولیمریز کو خصوصی ترمیم یا دیگر اعلی فڈیلٹی پولیمریز کے ساتھ منتخب کیا جانا چاہیے تاکہ توسیع کی کارکردگی کو بہتر بنایا جاسکے اور لمبے ٹکڑے کو بڑھانے کی ضروریات کو پورا کیا جاسکے۔ مزید برآں ، لمبے ٹکڑوں کو بڑھانے کے لیے پرائمر ڈیزائن ، ڈینیٹریشن ٹائم ، ایکسٹینشن ٹائم ، بفر پی ایچ وغیرہ کے متعلقہ ایڈجسٹمنٹ کی بھی ضرورت ہوتی ہے۔ ٹیمپلیٹ کو پہنچنے والے نقصان کو روکنے کے لیے ، 94 ° C پر ڈینیٹریشن کا وقت 30 سیکنڈ یا اس سے کم فی سائیکل ہونا چاہیے ، اور درجہ حرارت 94 ° C تک بڑھانے کا وقت 1 منٹ سے کم ہونا چاہیے۔ مزید برآں ، توسیع کا درجہ حرارت تقریبا 68 68 ° C پر رکھنا اور 1 kb/min کی شرح کے مطابق توسیع کا وقت ڈیزائن کرنا لمبے ٹکڑوں کی موثر توسیع کو یقینی بنا سکتا ہے۔

اعلی خلوص کے ساتھ مختلف ڈی این اے پولیمریز کا استعمال کرکے پی سی آر پرورش کی غلطی کی شرح کو کم کیا جاسکتا ہے۔ اب تک پائے جانے والے تمام طاق ڈی این اے پولیمریز میں ، پی ایف یو انزائم میں سب سے کم خرابی کی شرح اور سب سے زیادہ وفاداری ہے (منسلک ٹیبل دیکھیں)۔ انزائم سلیکشن کے علاوہ ، محققین رد عمل کے حالات کو بہتر بنا کر پی سی آر اتپریورتن کی شرح کو مزید کم کرسکتے ہیں ، بشمول بفر کمپوزیشن ، تھرماسٹیبل پولیمریز کی حراستی اور پی سی آر سائیکل نمبر کو بہتر بنانا۔